В 1940 году командует группой армий «Б», которая с началом немецкого наступления на Запад оккупировала Нидерланды и Бельгию. 14 июня 1940 года после оккупации Парижа, фон Бок принимает парад вермахта у Триумфальной Арки. 19 июля 1940 года произведён в звание генерал-фельдмаршал.

Вторжение в СССР

Во время вторжения в СССР фон Бок получает командование группой армий «Центр», основной задачей которой был захват Москвы.

Преступления против гражданского населения СССР характеризовались фон Боком как «невозможные» и несовместимые с правами человека.[1] Хеннинг фон Тресков (муж его двоюродной сестры, дочери генерала Эриха фон Фалькенхайна) обратился к нему с предложением принять участие в покушении на Гитлера, однако фон Бок это предложение отклонил.

В декабре 1941 года фон Бок открыто высказался о критическом военном положении, что вызвало явное неудовлетворение Гитлера. За провал наступления на Москву и последующий зимний кризис Гитлер возлагает ответственность на генералитет в целом, и на фон Бока — в частности.

12 декабря 1941 года на основании провальной зимней кампании и отступления немецких войск вследствие грубых тактических ошибок, фон Бок отстранён от должности командующего группой армий «Центр».

18 января 1942 года после внезапной смерти Вальтера фон Рейхенау, фон Бок назначен командующим группы армий «Юг».

Июль 1942: новые разногласия с Гитлером. Фон Бок сильно критикует раздробление группы армий «Юг» на Сталинградское и Кавказское направления, во время летнего наступления. 15 июля 1942 генерал-фельдмаршал фон Бок отстранён от командования группой армий «Юг» (официальная формулировка — по болезни) и отправлен в резерв фюрера.

В последующие годы Второй мировой войны фон Бок не принимает в ней активного участия и проживает в Баварии. Покушение на Гитлера 20 июля 1944 году осудил, как преступление.[источник не указан 632 дня]

В мае 1945 года, после самоубийства Гитлера, фон Бок предлагает свои услуги новому правительству во главе с Карлом Дёницем. 3 мая 1945 года машина, в которой фон Бок ехал с женой, попала под обстрел английского самолета на Кильском шоссе. На следующий день Федор фон Бок умер в госпитале от полученных ран.